Tujuan MTs Negeri 21 Jakarta Timur yang ingin dicapai adalah sebagai berikut :
- Menghasilkan siswa yang mampu membaca, menulis, dan memahami Al – Qur’an
- Menghasilkan siswa yang mampu menghafal al – Quran minimal 2 juz
- Menghasilkan siswa yang mampu mengamalkan ajaran al – Qur’an dalam kehidupan sehari-hari
- Menghasilkan siswa yang memiliki karakter yang baik dan berakhlakul karimah
- Menghasilkan siswa yang mampu mengamalkan ajaran agama islam dan menghargai keragaman budaya bangsa.
- Menghasilkan siswa yang memiliki rasa cinta tanah air dan bangsa serta bersikap menghargai perjuangan para pahlawan bangsa.
- Menghasilkan siswa yang memiliki semangat keunggulan dan berprestasiTercapainya hasil pembelajaran dan pelatihan yang optimal dan mampu berdaya saing
- Tercapainya kejuaraan baik tingkat kota, provinsi, nasional atau internasional dalam bidang akademik dan non akademik
